反渗透膜元件的污染物在正常运行一段时间后，反渗透膜元个会受到在给水中可能存在的悬浮物质或难溶物质的污染，这些污染物中最常见的为碳酸钙垢、硫酸钙垢、金属氧化物垢、硅沉积物及有机或生物沉积物。污染物的性质及污染速度与给水条件有关，污染是慢慢发展的，如果不早期采取措施，污染将会在相对的时间内损坏膜元件的性能。所以有必要对膜进行定期清洗污染物的去除污染物的去除可通过化学清洗和物理冲洗来实现，有时亦可通过改变运行条件来实现。
清洗原则：当下列情形之一发生时应进行清洗。
2.1在正常压力下如产品水流量降至正常值的10～15%。
2.2为了维持正常的产品水流量，经温度校正后的给水压力增加了10～15%。
2.3产品水质降低10～15%。盐透过率增加10～15%。
2.4使用压力增加10～15%
2.5RO各段间的压差增加明显(也许没有仪表来监测这一迹象)。
常见污染物及其去除方法：
3.1碳酸钙垢
在阻垢剂添加系统出现故障时或加酸系统出现而导致给水PH升高，那么碳酸钙就有可能沉积出来，应 尽早发现碳酸钙垢沉淀的发生，以防止生长的晶体对膜表面产生损伤，如早期发现碳酸钙垢，可以用降低给水PH值至3.0～5.0之间运行1～2小时的方法去除。对沉淀时间更长的碳酸钙垢，则应采用无机盐清洗液进行循环清洗或通宵浸泡。
注：应确保任何清洗液的PH值不要低于2.0，盃则可能会RO膜元件造成损害，特别是在温度较高时更应注意，最高的PH不应高于11.0。使用氨水来提高PH，使用硫酸或盐酸来降低PH值。
3.2硫酸钙垢清洗剂是将硫酸钙垢从反渗透膜表面去除掉的最佳方法。
3.3金属氧化物垢
可以使用上面所述的去除碳酸钙垢的方法，很容易地去除沉积下来的氢氧化物(例如氢氧化铁)。
3.4硅垢
对于不是与金属化物或有机物共生的硅垢，一般只有通过专门的清洗方法才能将他们去除，有关的详细方法请与我公司联系。
3.5有机沉积物
有机沉积物(例如微生物粘泥或霉斑)可以使用清洗剂去除，为了防止再繁殖，可使用杀菌溶液在系统中循环、浸泡，一般需较长时间浸泡才能有效，如反渗透装置停用三天时，最好采用消毒处理。
3.6清洗液清洗反渗透膜元件时建议采用RO膜系统清洗剂。确定清洗前对污染物进行化学分析十分重要的，对分析结果的详细分析比较，可保证选择最佳的清洗剂及清洗方法，应记录每次清洗时清洗方法及获得的清洗效果，为在特定给水条件下，找出最佳的清洗方法提供依据。对于无机污染物建议使用无机物专用清洗剂清洗。对于严重有机物污染建议使用特殊清洗剂。所有清洗可以在最高温度为摄氏40℃以下清洗60分钟，配制清洗液时按比例加入药品及清洗用水，应采用不含游离氯的反渗透产品水来配制溶液。
反透膜的化学清洗与水冲洗
清洗时将清洗溶液以低压大流量在膜的高压侧循环，此时膜元件仍装压力容器内而且需要用专门的清洗装置来完成该工作。清洗反渗透膜元件的一般步骤：
1.用泵将干净、无游离氯的反渗透产品水从清洗箱(或相应水源)打入压力容器中并排放几分钟。
2.用干净的产品水在清洗箱中配制清洗液。
3.将清洗液在压力容器中循环1小时或预先设定的时间，对于8英寸或8.5英寸压力容器时，流速为5-40加仑/分钟(133~151升/分钟)，对于6英寸压力容器流速为15~20加仑/分钟(57~76升/分钟)，对于4英寸压力容器流速为9~10加仑/分钟(34~38升/分钟)。
4.清洗完成以后，排净清洗箱并进行冲洗，然后向清洗箱中充满干净的产品水以备下一步冲洗。
5.用泵将干净、无游离氯的产品水从清洗箱(或相应水源)打入压力容器中并排放几分钟。
6.在冲洗反渗透系统后，在产品水排放阀打开状态下运行反渗透系统，直到产品水清洁、无泡沫或无清洗剂(通常需15~30分钟)。